ปริศนาอัญมณีเป็นที่นิยมอย่างมากและมีจำนวนมากในพื้นที่ของเกม ทำให้ผู้เล่นมีทางเลือกที่หลากหลายที่สุด เกม Gem Drop 3D นั้นแตกต่างจากเกมที่คล้ายกันโดยพื้นฐาน แม้ว่าหลักการของการรวบรวมหินจะไม่เปลี่ยนแปลง คุณต้องจัดเรียงอัญมณีหรือองค์ประกอบอื่น ๆ ที่เหมือนกันตั้งแต่สามชิ้นขึ้นไปเพื่อที่พวกมันจะถูกลบออก และด้วยเหตุนี้คุณจึงจะทำงานให้สำเร็จได้ ในเกมนี้ คุณจะเผชิญกับเงื่อนไขพิเศษ อัญมณีถูกจัดเรียงในแบบ 3 มิติ ดังนั้นหากต้องการดูชุดค่าผสมที่เป็นไปได้ คุณต้องหมุนชุดอัญมณีและจัดเรียงออก อันไหนจำเป็นต้องเปลี่ยนใน Gem Drop 3D