เกียวโตเป็นทหารหนุ่มที่อยู่ในระเบียบนินจาที่แอบรับใช้จักรพรรดิแห่งญี่ปุ่นและปฏิบัติงานที่ซับซ้อนและเป็นความลับโดยเฉพาะ ราวกับว่าฮีโร่ของเราถูกตั้งข้อหาทำภารกิจบุกเข้าไปในบ้านของที่ปรึกษาของจักรพรรดิคนหนึ่งเพื่อขโมยเอกสารจากที่นั่น บ้านอยู่บนเกาะล้อมรอบด้วยน้ำทุกด้าน ฮีโร่ของเราตัดสินใจใช้ผ้าคลุมที่สามารถรองรับเขาในอากาศได้ เราอยู่กับคุณในเกม Flappy Ninja ช่วยเขาในเรื่องนี้ เมื่อผลักออกจากพื้น นินจาของเราก็บินขึ้นไปในอากาศ เมื่อต้องการให้มันบินได้ เพียงคลิกบนหน้าจอ ระหว่างทาง ฮีโร่ของเราจะเจออุปสรรคต่างๆ ที่เขาต้องบินไปรอบๆ ถ้าเขาพบพวกเขา เสื้อคลุมของเขาจะหักและเขาจะล้มลงและตาย ดังนั้นจงระวังและคุณจะประสบความสำเร็จ
