ในสมัยโบราณของญี่ปุ่น มีสงครามเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องระหว่างสองวรรณะของนักรบ - ซามูไรและนินจา คุณในเกม Ninja Runner จะต่อสู้เคียงข้าง Order of Ninjas ตัวละครของคุณได้รับคำสั่งจากหัวหน้าคำสั่งให้ทำการลาดตระเวนในป่าแห่งหนึ่ง ที่ซึ่งกองทหารซามูไรสามารถซ่อนได้ ฮีโร่ของคุณกระโจนเข้าไปในป่าอย่างกล้าหาญและวิ่งไปตามเส้นทาง อันตรายและกับดักมากมายรอเขาอยู่ในทางของเขา คุณควบคุมตัวละครของคุณจะต้องทำให้เขากระโดดและไม่ตกหลุมพรางเหล่านี้ หากคุณเจอทหารศัตรู คุณจะต้องทำลายพวกเขาทั้งหมดด้วยความช่วยเหลือของดาบ เพียงรวบรวมสิ่งของต่าง ๆ ที่ตกอยู่ในเส้นทางของเขา
