นักรบแต่ละคนในลำดับนินจาต้องมีทักษะการต่อสู้ ความเร็ว และความคล่องตัวที่ดี ดังนั้นพวกเขาจึงฝึกฝนทุกวันโดยฝึกฝนพวกเขา วันนี้ในเกม Nano Ninja คุณจะผ่านการฝึกอบรมเหล่านี้อย่างใดอย่างหนึ่ง ฮีโร่ของคุณจะต้องวิ่งบนเส้นทางที่แน่นอนจากจุดเริ่มต้นไปยังเส้นชัย ที่สัญญาณเขาค่อยๆเก็บความเร็วจะวิ่งไปข้างหน้า ระหว่างทางจะเจออุปสรรคต่างๆ คุณจะต้องใช้กับปุ่มควบคุมเพื่อให้เขาวิ่งไปรอบๆ หรือกระโดดด้วยความเร็ว ในระหว่างการมอบหมาย คุณจะต้องรวบรวมสิ่งของต่างๆ