ในเกม Flappy Run Online คุณจะเข้าสู่โลกที่สิ่งมีชีวิตสามารถเคลื่อนที่ไปในอากาศได้ วันนี้ บริษัทของสิ่งมีชีวิตเหล่านี้ตัดสินใจออกเดินทางสำรวจพื้นที่ห่างไกลในประเทศของพวกเขา พวกมันลอยขึ้นไปในอากาศตามเส้นทาง คุณจะต้องคลิกบนหน้าจอด้วยเมาส์เพื่อให้พวกมันลอยอยู่ในอากาศ ระหว่างทางจะเจอเสาและสิ่งกีดขวางอื่นๆ ถ้ามันเหมือนเดิมทั้งหมด แสดงว่าคุณแพ้และเริ่มเนื้อเรื่องของเกมอีกครั้ง
