ในเกม Mr Ninja Fighter ใหม่ คุณจะไปที่ญี่ปุ่นโบราณและจะช่วยให้สงครามนินจาผู้กล้าหาญต่อสู้กับแก๊งโจร ตัวละครของคุณจะต้องเดินทางไปยังจังหวัดห่างไกลของประเทศและทำลายแก๊งอาชญากรทั้งหมดที่นั่น ก่อนที่คุณจะปรากฏบนหน้าจอตัวละครของคุณติดอาวุธด้วยดาบจะปรากฏให้เห็น เขาจะวิ่งไปข้างหน้าตามเส้นทาง ระหว่างทางจะตกลงไปในดินและกับดักต่างๆ คุณจะต้องใช้ปุ่มควบคุมเพื่อให้ตัวละครของคุณกระโดดข้ามมันทั้งหมด เมื่อพบกับศัตรู โจมตีเขาด้วยดาบของคุณและทำลายศัตรู
