ญี่ปุ่นโบราณมีวัดพิเศษที่พวกเขาเตรียมสงครามเช่นนินจา คุณในเกม Ninja Runs 3d ไปที่หนึ่งในนั้นและช่วยนินจาหนึ่งตัวผ่านการฝึกฝนประเภทต่างๆ วันนี้ฮีโร่ของคุณจะต้องวิ่งไปตามสิ่งกีดขวางที่สร้างขึ้นเป็นพิเศษร่วมกับนินจาคนอื่นๆ และเข้าเส้นชัยก่อน คุณจะจัดการการกระทำของเขา คุณต้องกระโดดข้ามสิ่งกีดขวางมากมาย ปีนข้ามสิ่งกีดขวางต่าง ๆ และดำเนินการอื่น ๆ อีกมากมายที่จะช่วยให้นินจาของคุณชนะการแข่งขัน
