ในอนาคตอันไกลโพ้น นักวิทยาศาสตร์ได้พัฒนาเรือขนาดเล็กพิเศษด้วยความช่วยเหลือซึ่งเป็นไปได้ที่จะทำลายไวรัสหลายชนิด คุณในเกม Virus Hunter จะควบคุมมัน ก่อนที่คุณจะบนหน้าจอคุณจะเห็นร่างกายมนุษย์ภายในซึ่งหน่วยนี้จะตั้งอยู่ เขาจะบินไปข้างหน้าทีละน้อยด้วยความเร็ว ระหว่างทางจะมีแบคทีเรียหลายชนิดเกิดขึ้น คุณจะต้องยิงอย่างแม่นยำจากเครื่องมือพิเศษเพื่อตกลงไปในแบคทีเรียเหล่านี้และทำลายพวกมัน
