มองเข้าไปในอาณาจักรเห็ด เกิดเหตุฉุกเฉินอีกครั้ง - เจ้าหญิงพีชถูกลักพาตัว แต่คราวนี้ Bowser ชั่วร้ายไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับเรื่องนี้ เนื่องจากไม่น่าแปลกใจเลย สิ่งที่น่าสงสารถูกผีร้ายลากไปและบินหนีไปพร้อมกับตัวประกันไปยังด้านมืดของโลกที่ต่างไปจากเดิมอย่างสิ้นเชิง ไม่ได้เป็นของที่มาริโอ้อาศัยอยู่ ช่างประปาผู้กล้าหาญจะต้องข้ามไปยังโลกของ Minecraft และค้นหาผู้ลักพาตัว เมื่ออยู่ต่างประเทศ มาริโอจะกลายเป็นเหมือนคนบล็อกและไม่น่าแปลกใจที่เขาไม่จำเป็นต้องโดดเด่น ช่วยฮีโร่ใน Super Mario MineCraft Runner วิ่งไปตามทางยาวที่มีอุปสรรคในการเก็บเหรียญ
