นินจาผู้กล้าหาญได้รับคำสั่งจากหัวหน้าคำสั่งให้บุกเข้าไปในปราสาทของขุนนางและขโมยเอกสารที่นั่น คุณในเกม Ninja Run Up And Down จะช่วยเขาในการผจญภัยเหล่านี้ ตัวละครของคุณจะต้องวิ่งไปที่ปราสาทตามถนนที่ผ่านบางพื้นที่ ระหว่างทางเขาจะเจอกับดักและสัตว์ประหลาดต่างๆ คุณจะต้องบังคับให้ฮีโร่ของคุณกระโดดและบินขึ้นไปในอากาศผ่านอันตรายเหล่านี้