ในโลกที่น่าตื่นตาตื่นใจอันห่างไกล สิ่งมีชีวิตเช่นโปเกมอนมีชีวิตอยู่ แบ่งออกเป็นกลุ่มที่บูชาวิญญาณธรรมชาติ ครั้งหนึ่งผู้บูชาวิญญาณแห่งไฟและน้ำทำพิธีกรรมและเรียกสิ่งศักดิ์สิทธิ์เหล่านี้เข้ามาในโลกนี้ แต่พวกเขากลับกลายเป็นวิญญาณที่ชั่วร้ายและควบคุมไม่ได้ ตอนนี้โลกทั้งใบอยู่ในความโกลาหลและภัยพิบัติทางธรรมชาติกำลังเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง คุณในเกม Pokemon Emerald Version จะต้องต่อสู้กับพวกเขา ตรงหน้าคุณบนหน้าจอ คุณจะเห็นบางพื้นที่ที่ตัวละครของคุณตั้งอยู่ พวกเขาจะโจมตีเช่นวิญญาณแห่งไฟ คุณจะควบคุมการกระทำของพวกเขาโดยใช้แผงควบคุมเฉพาะ ด้วยความช่วยเหลือของมัน คุณจะบังคับให้โปเกมอนของคุณใช้เวทย์มนตร์ต่าง ๆ ที่พวกมันจะทำอันตรายคู่ต่อสู้ของพวกเขา
