ช่วยสายลับหลบหนีจากการไล่ล่า ตำนานของเขาถูกเปิดเผยและนี่ไม่ใช่ความผิดของเขา หลังจากวิเคราะห์ฮีโร่อย่างละเอียดถี่ถ้วนแล้ว เขาก็ตระหนักว่ามีตัวตุ่นในการลาดตระเวนของเขา ซึ่งข้อมูลรั่วไหลไปยังศัตรู และตอนนี้ก็มีการประกาศการล่าสำหรับเขา แต่คนทรยศนั้นยังไม่เป็นที่รู้จักและเขาไม่ต้องการที่จะเปิดเผย ดังนั้นเขาจึงส่งนักฆ่าของเขาไปกำจัดฮีโร่ของเรา สถานการณ์ดูเหมือนทางตัน แต่อย่าสิ้นหวัง คุณจะช่วยฮีโร่ทำลายทุกคนที่ต้องการให้เขาถูกจับหรือฆ่าใน Mr Bullet 3D ในแต่ละระดับเขาจะมีจำนวนตลับหมึกที่ จำกัด ดังนั้นมันจึงคุ้มค่าที่จะใช้ทุกอย่างที่อยู่ในตำแหน่งเช่นเดียวกับการสะท้อนกลับ
