สงครามเกิดขึ้นระหว่างสองคำสั่งของนินจา คุณในเกม Ninja Versus Ninja จะมีส่วนร่วมในการเผชิญหน้าครั้งนี้ ในตอนเริ่มเกม คุณจะต้องเลือกตัวละครของคุณ ภายใต้นั้นคุณจะได้รับอาวุธและกระสุน หลังจากนั้นฮีโร่ของคุณจะอยู่ในบางพื้นที่ คู่ต่อสู้ของคุณจะอยู่ที่ปลายฝั่งตรงข้ามของสถานที่ ที่สัญญาณคุณจะต้องเคลื่อนที่ไปในทิศทางของเขา ทันทีที่คุณเข้าใกล้ การต่อสู้เริ่มต้นขึ้น คุณสามารถโจมตีด้วยดาบของคุณหรือใช้อาวุธขว้างปา งานของคุณคือฆ่าศัตรูให้เร็วที่สุดและรับคะแนนจากมัน เขาจะโจมตีคุณด้วย คุณจะต้องหลบการโจมตีของเขาหรือบล็อกพวกเขาด้วยดาบของคุณ
