อาณาจักรเห็ดดูไม่ได้ใหญ่โตขนาดนั้น แต่กระนั้น ขยะมากมายได้สะสมอยู่ในนั้นจนไม่เหมาะกับหลุมฝังกลบที่กำหนดไว้เป็นพิเศษอีกต่อไป กษัตริย์ตัดสินใจโยนทุกอย่างลงทะเล แต่มาริโอต่อต้านโดยสิ้นเชิง ใน Super Mario Transporter เขาตั้งใจที่จะกำจัดขยะทั้งหมดออกจากถิ่นกำเนิดของเขาเอง ไปยังที่ที่มันจะถูกทำลายหรือนำกลับมาใช้ใหม่ ด้วยเหตุนี้พระเอกจึงได้เตรียมเรือบรรทุกสินค้าหลายประเภทและเรือลำอื่น แต่ต้องมีใครสักคนช่วยพระเอกเปิดวาล์วระบายน้ำ ขยะต้องไม่สับสน เพราะมีสีต่างกันและต้องตรงกับสีของภาชนะ คุณจะเทพวกเขาที่ไหน เปิดฝาและห้ามผสมของเหลวใน Super Mario Transporter
