ในบางครั้ง เกมเด็กผู้หญิงมักถูกล่อลวงให้ใช้เวทย์มนตร์เพื่อจุดประสงค์บางอย่าง แต่ยูกิ นางเอกของเกม Magical Girl Spell Factory มองว่าเวทมนตร์เป็นหนทางที่จะช่วยเหลือคนที่เรียกร้องมัน เมื่อเร็ว ๆ นี้ เธอได้เรียนรู้ว่าจู่ๆ อักขระสิบสองตัวก็หายตัวไปจากสนามเด็กเล่น เด็กสาวตัดสินใจพยายามเอามันกลับมาด้วยความช่วยเหลือจากหนังสือเวทย์มนตร์ของเธอ ขั้นแรก เตรียมเด็กผู้หญิงด้วยการเลือกชุดสำหรับเธอ แล้วเริ่มผสมส่วนผสมสำหรับเวทมนตร์ เอาสามรายการแล้ววางลงในหนังสือ ปาฏิหาริย์จะเกิดขึ้นและหนึ่งในฮีโร่ที่หายไปจะปรากฏขึ้นหากไอเท็มถูกหยิบขึ้นมาอย่างถูกต้องใน Magical Girl Spell Factory
