น้ำหรือของเหลวอื่นๆ ตามกฎแห่งแรงโน้มถ่วง จะไหลลงมาหากพบทางออกสำหรับตัวมันเอง แม้แต่รอยแตกเล็กๆ น้อยๆ ใน Water Flow 3D คุณต้องปล่อยให้มันไหลได้อย่างอิสระเพื่อเติมภาชนะสี่เหลี่ยมด้านล่าง จำนวนภาชนะจะแตกต่างกันไป แต่คุณต้องจำไว้ว่าคุณสามารถเทของเหลวที่มีสีตรงกันลงไปเท่านั้น เมื่อต้องการทำเช่นนี้ ให้เปิดบานประตูหน้าต่างในลำดับที่ถูกต้อง บางครั้งจะต้องผสมของเหลว และพาร์ทิชันแก้วจะต้องแตกด้วยลูกบอลหนักๆ ใน Water Flow 3D มีหลายระดับและมีความหลากหลายในการตั้งค่างาน
