นินจาตัดสินใจวิ่ง Ninja Samurai Runner อีกครั้งเพื่อให้มีรูปร่างที่ดี ตราบใดที่ไม่มีความขัดแย้งและไม่มีที่จะแสดงทักษะศิลปะการต่อสู้ของเขา แต่การวิ่งของเขาจะไม่เพียงเป็นการออกกำลังกายเท่านั้น เขาจะไปยังสถานที่ต่างๆ ฉันสามารถหาถ้วยรางวัลทองคำได้ที่ไหน: เหรียญ, แหวน, คริสตัลสีเหลืองหายาก ที่ใดมีของล้ำค่า ย่อมต้องมีของที่จับได้ และนี่คือความจริง พระเอกจะต้องระวังเพราะอาจมีระเบิดอยู่ข้างทอง ขณะกระโดดบนชานชาลา ให้คำนวณระยะเพื่อไม่ให้ระเบิดใน Ninja Samurai Runner
