ในเมืองแห่งความอดกลั้น คนเลวได้กลับมาในเกม Naruto 3D เมื่อวันก่อนฮีโร่สีเหลืองจัดการกับสัตว์ประหลาด Huggy และชาวเมืองถอนหายใจอย่างสงบ แต่สัตว์ประหลาดของเล่นถูกแทนที่ด้วยคนชั่วร้าย - นินจาสีดำและมีเพียงฮีโร่ที่คุณรู้จักดีภายใต้ชื่อนารูโตะเท่านั้นที่สามารถจัดการพวกมันได้ ผู้ชายในชุดจั๊มสูทสีสดใสที่มีผมสีเหลืองสยายพร้อมกอบกู้เมืองอีกครั้ง ที่ด้านบนขวาคุณจะพบแผนที่ซึ่งโจรถูกทำเครื่องหมายด้วยจุดสีแดง ใช้ลูกศร ASDW เพื่อเคลื่อนย้ายฮีโร่ และทันทีที่คุณพบผู้ร้าย ให้ทำลายเขา อย่างที่ Naruto รู้วิธี คลิกที่ปุ่มเมาส์และฮีโร่จะทำทุกอย่างเอง ศัตรูจะล้มลงหากบาร์เหนือหัวของเขาหายไปในเกม Naruto 3D