คัมภีร์ของศาสนาคริสต์สามารถเกิดขึ้นได้จากหลายสาเหตุ ในเกม Apocalypse Run คุณจะได้ช่วยเหลือฮีโร่ที่อยู่ใจกลางของคัมภีร์ของศาสนาคริสต์ที่ปรากฏขึ้นอันเป็นผลมาจากการจลาจลของเครื่องจักร ปัญญาประดิษฐ์ซึ่งเป็นรูปลักษณ์ที่รอคอยและชื่นชมในการพัฒนาอย่างรวดเร็วตัดสินใจว่าตอนนี้ไม่ต้องการคน ยิ่งกว่านั้น พวกมันยังเป็นอันตรายด้วยซ้ำ เพราะพวกมันทำผิดทุกอย่าง มักจะทำตัวไร้เหตุผล ทำลายสิ่งแวดล้อมและฆ่าล้างเผ่าพันธ์ของมันเอง ความเชื่ออันแรงกล้าได้ก่อตัวขึ้นในใจของเครื่องจักรที่ว่ามนุษย์คือผู้ชั่วร้ายหลักบนโลกใบนี้และจะต้องถูกทำลาย ดังนั้นการทำลายมนุษยชาติอย่างเป็นระบบจึงเริ่มขึ้นและฮีโร่ของ Apocalypse Run ต้องการหลีกเลี่ยงสิ่งนี้และคุณจะช่วยเขาต่อสู้กับหุ่นยนต์