เจ้าหญิงพีชถูกลักพาตัวอีกครั้ง Bowser สงบสติอารมณ์ไม่ได้ และถึงเวลาเกษียณแล้ว แต่ก็ยังอยู่ตรงนั้น มอบความงามให้เขา มาริโอต้องออกเดินทางและเขาก็ไม่ใช่คนแรกที่สดใหม่ เป็นครั้งแรกที่ช่างประปาสงสัยในความสามารถของเขาและตัดสินใจเชิญโซนิคมาช่วย โดยรู้ว่าเขาสามารถวิ่งเร็วและกระโดดสูงได้อย่างไร ในระหว่างนี้ ขณะที่ Sonic มาถึง คุณสามารถควบคุม Mario และช่วยเขาเก็บเหรียญและกระโจนเข้าใส่ลูกน้องของ Bowser จากนั้นคุณสามารถเปลี่ยนไปใช้ Sonic ได้ แต่เขาจะต้องรวบรวมแหวน แต่ฮีโร่ทั้งสองมีเป้าหมายเดียวกัน - เพื่อช่วยเจ้าหญิงใน Super Mario และ Sonic
