นินจาเพิ่งกลับจากการเดินป่าและตัดสินใจไปเยี่ยมชมอารามบ้านเกิดของเขา ซึ่งเป็นที่ที่เขาศึกษาและอาจารย์คนโปรดของเขา ซึ่งให้ความรู้มากมายแก่เขาและสอนวิธีควบคุมร่างกายและจิตวิญญาณของเขา ทรงพบพระภิกษุมีความท้อแท้และคับข้องใจมาก. เมื่อวันก่อน ซามูไรแดงโจมตีอารามและขโมยหินโบราณที่มีอักษรรูนจำนวนหนึ่ง เหล่านี้เป็นหินศักดิ์สิทธิ์ที่เก็บรักษาไว้ในอารามมานานหลายศตวรรษ ฮีโร่ของเราสาบานว่าจะคืนทุกสิ่งที่ถูกขโมยและออกเดินทางทันที ช่วยฮีโร่ใน Ninja Run บรรลุภารกิจอันศักดิ์สิทธิ์ของเขา นินจาจะวิ่งหนีและคุณจะช่วยให้เขากระโดดข้ามสิ่งกีดขวางและศัตรูได้ทันเวลาเพื่อรวบรวมก้อนหิน
