ในส่วนที่สองของเกม Pandemic 2 คุณจะสานต่อภารกิจของคุณเพื่อทำลายมนุษยชาติทั้งหมดในฐานะโรคระบาดร้ายแรง เกมเริ่มต้นด้วยการเลือกประเภทของโรค: ไวรัส แบคทีเรีย หรือปรสิต จากนั้นคุณจะเลือกจุดเริ่มต้นสำหรับการติดเชื้อของคุณ จากนั้นคุณจะต้องแพร่โรคของคุณไปทั่วโลก ด้วยการแพร่กระจายไปทั่วโลก คุณสามารถทำให้โรคของคุณดีขึ้นและทำให้ผู้คนไม่ต้องทนทุกข์ทรมานจากมัน ปรับเปลี่ยนไวรัสของคุณอย่างต่อเนื่อง เพื่อที่มนุษยชาติจะไม่สามารถรักษามันได้ คุณจะค่อยๆ ทำลายประชากรทั้งหมดของโลกในเกม Pandemic 2
