ตัวละครเยลลี่ชื่อ Misty เริ่มต้นการเดินทางผ่านโลกแพลตฟอร์มที่มีเอกลักษณ์ใน MystiCloned เส้นทางของเขาจะน่าสนใจ แต่ค่อนข้างยากถ้าคุณไม่ช่วยให้เขาเอาชนะอุปสรรค ในการทำเช่นนี้ฮีโร่จะต้องมีพอร์ทัลพิเศษ เมื่อผ่านพวกมันไปได้ฮีโร่จะได้รับโคลนจำนวนหนึ่งตามที่เขาต้องการ ดูเหมือนฮีโร่แต่ทาสีดำ หากคุณต้องการให้โคลนหยุดที่จุดใดจุดหนึ่ง ให้คลิกปุ่มเมาส์ที่โคลน จากนั้นโคลนจะกลายเป็นสีชมพูซีดและคงอยู่กับที่ สิ่งนี้จำเป็นเมื่อคุณต้องการแก้ไขปุ่มบางปุ่มเพื่อเปิดประตู ในอนาคต คุณจะต้องใช้โคลนในรูปแบบต่าง ๆ เพื่อเอาชนะอุปสรรคต่าง ๆ ใน MystiCloned
