การอพยพของนกคือการอพยพของนกไปยังภูมิภาคที่อบอุ่นเป็นประจำทุกปี เมื่อฤดูใบไม้ร่วงมาถึง นกหลายชนิดจะมุ่งหน้าลงใต้เพื่อเอาตัวรอดจากฤดูหนาวที่หนาวเย็น เป็ดก็เป็นหนึ่งในนั้น และในเกมนี้คุณจะช่วยเป็ดตัวหนึ่งเอาชนะการบินที่ยากลำบาก แต่ก่อนอื่นคุณต้องเลือกตัวละครจากฮีโร่ที่นำเสนอในเกม: Pam, Mac, Uncle Dan, Gwen และ Dax พวกเขาจะเชื่อฟังการควบคุมของคุณ เนื้อเรื่องของ Migration Flappy Duck คือนกของคุณตกอยู่หลังฝูง เมื่อญาติของเธอบินหนีไป ปีกของเธอก็เสียหาย แต่ตอนนี้มันหายดีแล้ว และคุณสามารถพยายามไล่ตามฝูงสัตว์และบินไปด้วยกันได้ แต่ก่อนอื่นคุณจะต้องเอาชนะอุปสรรคมากมายและกระพือปีกอย่างแรงโดยไม่หยุดพักใน Migration Flappy Duck
