หลังจากที่ฮีโร่ของเกม Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak ต้องทนทุกข์ทรมานจากการกระทำของกลุ่มมาเฟียเขาจึงเริ่มดำเนินการในสงครามและตัดสินใจแก้แค้น สำหรับนินจา นี่เป็นเรื่องของเกียรติยศ ผ่านด่านโดยทำภารกิจให้สำเร็จ หัวหน้ามาเฟียจะทุ่มคลังแสงทั้งหมดเพื่อป้องกัน ก่อนการโจมตีครั้งต่อไปคุณควรคิดและเลือกประเภทอาวุธที่เหมาะสมกว่านี้ นินจาไม่ได้อาศัยเพียงความชำนาญของเขาอีกต่อไป การทำลายมาเฟียจะต้องใช้แนวทางที่จริงจังกว่านี้ พระเอกต้องวิ่งไปหาที่กำบัง จากนั้นคุณเล็งแล้วนินจาจะยิง Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak โดยอัตโนมัติ
