เหล่าเต่านินจากลับมาจากการมอบหมายครั้งถัดไป และพบว่าครูของ Splinter หายตัวไป ในแมนฮัตตันเมื่อเร็ว ๆ นี้กระสับกระส่าย มีการกลายพันธุ์มากมายและบางคนอยู่ข้างหลังพวกเขา ทีมเต่าได้ขัดขวางแผนการชั่วร้ายหลายแผนแล้ว และศัตรูที่มองไม่เห็นตัดสินใจที่จะแก้แค้นอย่างโหดร้ายโดยการลักพาตัวอาจารย์ของพวกมัน เลโอนาร์โดเป็นเจ้าแห่งการต่อสู้คาตัน ราฟาเอลหัวหน้าทีมดูแลซาเยสอย่างชำนาญ โดเนเทลโลใช้ไม้เท้าพิเศษ และมีเกลันเจโลชอบทานชาคุมากกว่า พวกเขาจะได้รับความช่วยเหลือในเดือนเมษายน เธอเป็นเจ้าของไม้เบสบอลสีเขียวอย่างเชี่ยวชาญ
