เบ็นเท็นไม่ใช่คนแปลกหน้ากับการมาถึงของเอเลี่ยนกลุ่มอื่นที่ต้องการใส่ร้ายมนุษย์โลก แต่คราวนี้ใน Ben 10 Omnitrix Shadow สิ่งต่าง ๆ ทวีความรุนแรงมากขึ้น มนุษย์ต่างดาวถูกนำโดยอัศวินในชุดเกราะสีดำ เขาปล่อยกระแสพลังงานเข้าไปในเบ็น ทำให้เขาติดเชื้อด้วยพลังงานมืด จากนั้นผู้บุกรุกก็จากไปอย่างรวดเร็ว ไวรัสที่มืดมิดได้ตั้งรกรากอยู่ในฮีโร่ ซึ่งเมื่อเวลาผ่านไปจะทำให้เขากลายเป็นสัตว์ประหลาดที่ชั่วร้าย เหมือนกับทุกคนที่อยู่ใน omnitrix เพื่อแก้ไขสถานการณ์และกำจัดไวรัส คุณต้องค้นหาผู้ร้ายทั้งสามและทำลายพวกมัน ช่วยให้ตัวละครกลายเป็นตัวเองอีกครั้งและป้องกันการเปลี่ยนแปลง