ใน Ben 10: Brains vs Bugs คุณจะต้องช่วยเอเลี่ยนสีเขียวแสนตลกเพื่อปลดปล่อยเพื่อนที่ถูกลักพาตัวไป ต่อหน้าคุณ ตัวละครของคุณจะปรากฏบนหน้าจอซึ่งจะอยู่ในตำแหน่งใดตำแหน่งหนึ่ง การใช้ปุ่มควบคุมคุณจะแนะนำการกระทำของเขา ฮีโร่ของคุณจะต้องเดินไปตามเส้นทางที่กำหนด เอาชนะกับดักต่างๆ และอันตรายอื่นๆ ระหว่างทางเขาจะรวบรวมเหรียญทองและรายการที่มีประโยชน์อื่น ๆ ที่จะนำคะแนนมาให้คุณในเกม Ben 10: Brains vs Bugs และสามารถให้โบนัสประเภทต่าง ๆ แก่ตัวละคร นอกจากนี้ ตัวละครของคุณจะต้องต่อสู้กับแมลงที่จะเจอระหว่างทางด้วย
