ในส่วนที่สองของเกม Virus Ninja 2 คุณจะช่วยนักรบนินจาผู้กล้าหาญต่อสู้กับไวรัสต่างๆ ก่อนคุณบนหน้าจอจะมีสนามเด็กเล่นซึ่งแบคทีเรียต่างๆ จะปรากฏขึ้น พวกมันจะเคลื่อนที่ไปในทิศทางที่ต่างกันและด้วยความเร็วที่ต่างกัน คุณจะต้องใช้ดาบเพื่อทำลายพวกมัน ดูที่หน้าจออย่างระมัดระวังและขับวัตถุด้วยเมาส์ ดังนั้นคุณจะโจมตีแบคทีเรียและหั่นเป็นชิ้น ๆ บางครั้งระเบิดอาจปรากฏขึ้นท่ามกลางวัตถุเหล่านี้ คุณไม่ควรแกว่งพวกเขา
