นินจาผู้กล้าหาญเกียวโตได้รับภารกิจจากหัวหน้าคำสั่งของเขาให้บุกเข้าไปในดินแดนที่ได้รับการคุ้มกันของขุนนางคนหนึ่งและขโมยเอกสารลับจากที่นั่น คุณในเกม Endless Ninja จะช่วยเขาทำภารกิจนี้ให้สำเร็จ ตัวละครของคุณจะเคลื่อนที่ไปตามถนนทีละน้อยเพื่อเพิ่มความเร็ว ระหว่างทางจะพบกับกับดักหลากหลายชนิด ฮีโร่ของคุณที่กำลังเข้าใกล้พวกเขาจะต้องกระโดดภายใต้การแนะนำของคุณ ดังนั้นมันจะบินผ่านอากาศผ่านส่วนอันตรายเหล่านี้ของถนน บางครั้งคุณจะพบกับสิ่งของและเหรียญประเภทต่างๆ ที่กระจัดกระจายอยู่ทั่วไป คุณจะต้องพยายามที่จะรวบรวมพวกเขาทั้งหมด
