ในส่วนที่สามของเกม Sonic Advance 3 คุณจะยังคงช่วย Sonic ผู้กล้าหาญและผองเพื่อนของเขาต่อสู้กับ Dr. Evil ที่บ้าคลั่งต่อไป คนบ้าต้องการสร้างเมืองทั้งเมืองซึ่งเขาจะเลี้ยงสัตว์ประหลาด การทำเช่นนี้ เขาจะต้องหินแห่งความโกลาหล โซนิคต้องตามหาพวกมันให้ได้ก่อน ก่อนที่คุณจะปรากฏบนหน้าจอตัวละครของคุณและเพื่อนของเขา เมื่อใช้ปุ่มควบคุม คุณจะควบคุมการกระทำของฮีโร่ทั้งสองได้ในคราวเดียว คุณจะต้องทำให้พวกเขาเคลื่อนที่ไปรอบๆ สถานที่และตรวจสอบทุกอย่างอย่างรอบคอบ มองหาหินและวัตถุที่กระจัดกระจายไปทั่วสถานที่และรวบรวมพวกมัน ระหว่างทางคุณจะเจออุปสรรคและกับดักที่ฮีโร่ของคุณจะต้องกระโดดข้าม หากพวกเขาพบกับสัตว์ประหลาด ตัวละครจะสามารถข้ามหรือทำลายพวกมันได้ด้วยการเข้าร่วมการต่อสู้ สำหรับการฆ่าฝ่ายตรงข้าม คุณจะได้รับคะแนนใน Sonic Advance 3
