นินจาผู้กล้าหาญแห่งเกียวโตต้องไปยังดินแดนมืดและค้นหาสิ่งประดิษฐ์โบราณที่นั่นตามคำแนะนำของหัวหน้าหน่วยบัญชาการของเขา คุณในเกม Ninja vs Zombies จะเข้าร่วมกับเขาในการผจญภัยครั้งนี้ ฮีโร่ของคุณจะต้องผ่านสถานที่ต่างๆ และเอาชนะอันตรายต่างๆ ฝูงซอมบี้เดินเตร่ไปยังสถานที่ที่ฮีโร่ของคุณจะต้องต่อสู้ ในการต่อสู้กับพวกเขา ฮีโร่จะใช้อาวุธต่างๆ โดยการทำลายสิ่งมีชีวิตที่ตายแล้ว คุณจะได้รับคะแนน และคุณยังสามารถรวบรวมถ้วยรางวัลที่จะหลุดออกจากพวกเขา ด้วยคะแนนที่คุณได้รับ คุณสามารถซื้ออาวุธและกระสุนต่างๆ สำหรับตัวละครของคุณได้ในร้านเกม
