นินจาศึกษามาเป็นเวลานานและในที่สุดก็ถึงเวลาใช้ความรู้และทักษะของเขาใน Dark Ninja Hanjo อาจารย์แจ้งให้นักเรียนทราบว่าเขาพร้อมที่จะเริ่มต้นชีวิตอิสระแล้ว แต่ในขณะเดียวกัน อดีตนักเรียนก็ถูกขอให้ทำภารกิจที่สำคัญมากในการฟื้นฟูเมือง ภารกิจจะแสดงให้เห็นว่าฮีโร่เตรียมพร้อมแค่ไหน เมืองนี้ถูกความมืดกลืนกิน เพื่อปลดปล่อยมัน คุณจะต้องต่อสู้กับปีศาจหรือนักรบที่ถูกครอบงำ นินจาจะสามารถแสดงความสามารถของเขาได้ รับคำแนะนำจากอาจารย์ ในระยะแรก เขาจะติดตามนักเรียนของเขา แต่คุณต้องดำเนินการด้วยตัวเองใน Dark Ninja Hanjo
