นินจาปรากฏตัวในญี่ปุ่นยุคกลางและทำหน้าที่เป็นสายลับ หน่วยสอดแนม และผู้ก่อวินาศกรรมสอดแนม พวกเขาสวมเสื้อผ้าสีเข้ม ปิดหน้า และส่วนใหญ่ทำการผ่าตัดในเวลากลางคืน เคลื่อนไหวอย่างเงียบๆ และทำงานที่ได้รับมอบหมายให้เสร็จสิ้น นินจาทุกคนเชี่ยวชาญศิลปะของนินจา โดยพื้นฐานแล้ว นินจาเป็นนักรบประเภทหนึ่งที่ใช้ในการปฏิบัติการพิเศษ เช่นเดียวกับกองกำลังพิเศษของญี่ปุ่น ฮีโร่ของเกม Ninja Speed Runner ยังได้รับความไว้วางใจให้ทำภารกิจลับจึงเคลื่อนไหวอย่างรวดเร็ว ชูริเคนกำลังบินเข้าหาเขาซึ่งเขาต้องหลบและคุณจะช่วยเขาในเรื่องนี้โดยบังคับให้ฮีโร่กระโดดหรือหลบใน Ninja Speed Runner
