ชีวิตในอาณาจักรเห็ดต้องหยุดชะงักอีกครั้งจากการลักพาตัวเจ้าหญิงพีช Bowser ไม่สามารถสงบสติอารมณ์ได้และไม่สามารถคิดอะไรใหม่ๆ ได้นอกจากการลักพาตัวเจ้าหญิง มาริโอใน Super Mario Flash จะออกเดินทางเพื่อช่วยเด็กผู้หญิง นี่ไม่ใช่ครั้งแรกสำหรับเขา และคุณมีเหตุผลที่จะเป็นผู้มีส่วนร่วมในการผจญภัยที่สนุกสนานอีกครั้ง นำทางมาริโอข้ามแพลตฟอร์ม กระโดดขึ้นไปบนเห็ดและเต่าชั่วร้าย ค้นหาเห็ดแมลงวันวิเศษตัวใหญ่ที่จะเปลี่ยนช่างประปาให้กลายเป็นซูเปอร์มาริโอ นอกจากนี้คุณยังสามารถค้นหาดอกไม้วิเศษบนแพลตฟอร์ม ซึ่งจะเสริมความแข็งแกร่งให้กับฮีโร่และมอบความแข็งแกร่งให้กับเขาใน Super Mario Flash
