อาณาจักรเห็ดได้รับความเดือดร้อนจากการรุกรานของเอเลี่ยน หุ่นยนต์เอเลี่ยนเดินไปตามชานชาลาและถนน คุกคามผู้อยู่อาศัยทุกคนด้วยกรงเล็บเหล็ก มาริโอเป็นคนเดียวที่สามารถต้านทานผู้รุกรานได้ เขากินเห็ดไปแล้ว กลายเป็นซูเปอร์มาริโอตัวใหญ่ ติดอาวุธด้วยค้อนและก้อนหิน และพร้อมที่จะต่อสู้ ช่วยฮีโร่เขาจะเคลื่อนที่ค่อนข้างเร็วและโดยการกดปุ่มที่เลือกที่มุมขวาล่างทำให้เขาขว้างก้อนหินหรือทุบหัวศัตรูด้วยค้อน เป็นการดีกว่าที่จะขว้างก้อนหินใส่หุ่นยนต์ที่ใหญ่กว่า และสำหรับคนตัวเล็ก การตีหัวอย่างแรงใน Super Mario Run ก็เพียงพอแล้ว
