การผจญภัยของมาริโอดำเนินต่อไปใน Super Mario Flash 2 ภารกิจก่อนหน้านี้ของเขาเพื่อช่วยเจ้าหญิงพีชประสบความสำเร็จ แต่ฮีโร่ไม่จำเป็นต้องพักบนลอเรลเป็นเวลานาน เจ้าหญิงผู้น่าสงสารถูกลักพาตัวอีกครั้ง และคราวนี้มันถูกมังกรทำ เขาวางเชลยไว้ในหอคอยและเรียกร้องให้อาณาจักรเห็ดยอมจำนนโดยสมบูรณ์ มาริโอยังไม่มีเวลาพักผ่อนแต่ก็ออกเดินทางอีกครั้ง คราวนี้เขาจะต้องเผชิญหน้ากับศัตรูมากขึ้น พวกเขาจะโจมตีเป็นฝูง รวดเร็วและว่องไวในขณะที่คุณกระโดดขึ้นไปบนหัวศัตรูและทำลายพวกเขาใน Super Mario Flash 2
